あっという間に目まぐるしく二週間が過ぎ

あっという間に二週間が過ぎてしまいました この間、TAVIにかかりきりかと言えば、そうでもなく しかしながら激しいTAVIに各地で付き合いました

その中で、先週は島原ライブで四例治療し、その中の一例はかなり高難度のCTOでしたが、それもうまくやり、昨日は函館で非常に難度の高いCTO二例を我ながら信じられないような強い意志の力と、これまでの知識、積み上げてきたテクニックを総動員してやり遂げました 集まっておられた韓国の先生方 (第11回 日韓友好TRIセミナー)もすごく満足されました TRIの可能性の限界への挑戦でした でも疲れきりました CTOの一例目で渾身の力を使いましたので、CTOの二例目の時には左手の指や足底の筋が痙攣(つる)していました この二週間で何例のTAVIとCTO三例を含めたPCIを行ってきたのでしょうか

その一方で鎌倉ライブのHome Page programmingにとりかかりました 暫く javascript/sql/jQuery/phpなどと何ヶ月も付き合ってきませんでしたので、自分の知識と感覚を取り戻すのに時間がかかっています 実はこの数週間、「深層学習」の勉強を Kindle本でやっていたのです 偏微分や行列計算などこれまで避けてきたことにも再挑戦しています そんなこんなであっという間に時間が流れていったのです あ~~~~ こんなことではいけない いけない

わーあいっ 解決

これまで VisualStudio Codeのメニューが日本語であっのに、updateしてからメニューが英語になってしまいました 「どうしてだろう?」「どうやれば治るの?」とか小さな心臓で悩んでいたのです

でも本日解決策発見しました ここに書いてありました この通りしたところすぐに日本語メニューとなりました 目出度し めでたし

本日のTAVI

本日は二例のTAVI 自己拡張型で行いました 重症例でしたが非常に良好な結果でした

バルーン拡張型と自己拡張型を比べれば、多くの日本の先生方はバルーン拡張型に馴染みがあると思います それには理由があります その理由とは バルーン拡張型が日本で保険診療下で使うことが出来るようになったのは 2013年10月ですが、自己拡張型を使えるようになったのは確か 2014年の暮ぐらいからではないでしょうか

結果的に多くの医師にとって自己拡張型は馴染みが無い、それが最大の理由でしょう

僕自身はと言えば、治験段階から自己拡張型を用いていたので馴染みはあるのですが、問題は治験終了から保険診療下での使用まで数年間のブランクがあることです この間に全てそれまでに得た技術から遠のいてしまうのです それで結果的に僕自身自己拡張型に何となく抵抗感が出てきたのです でも最近はようやくその心理的バリアから脱出しつつあります

TAVIを終わってからPCIを一例自分でしました そしてその後夕方に外来診療です そしてその後院内の委員会に出席、僕は早めに帰宅しました 外は小雨が降っていましたが、自転車で戻りました

TAVIもCTOも、そしてプログラミングも僕の心にとっては同程度の心の障壁です その心の障壁を乗り越えればこれまでに鍛えてきた能力により結果は成功という型でついてくるのです

本日の Python勉強

どのようにオブジェクトを下位関数に渡すか悩みました まず JPEG Tagの定義ファイル defTag.pyです

# defTag.py

jpegTag = {
    'TAG': '0xFF',
    'DHT': '0xFFC4',
    'SOI': '0xFFD8',
    'EOI': '0xFFD9',
    'SOF': '0xFFC3',
    'SOS': '0xFFDA'

}

if __name__ == '__main__':
    print(jpegTag)
    print(jpegTag['TAG'], jpegTag['DHT'])

つぎに、これを読み込んで JPEG Tagの DHT, SOI, EOIアドレスを探すルーチンです searchJPEGTAGS.pyです

import sys
from bitstring import ConstBitStream
from defTag import jpegTag

def searchDHTs(file_obj):
    DHTs = list(file_obj.findall(jpegTag['DHT'], bytealigned=True))
    return DHTs

def searchSOIs(file_obj):
    SOIs = list(file_obj.findall(jpegTag['SOI'], bytealigned=True))
    return SOIs

def searchEOIs(file_obj):
    EOIs = list(file_obj.findall(jpegTag['EOI'], bytealigned=True))
    return EOIs

if __name__ == '__main__':
    xa = ConstBitStream(filename=sys.argv[1])
    print(searchDHTs(xa))
    print(searchSOIs(xa))
    print(searchEOIs(xa))

そして、ここに file objectを渡す上位ルーチンです ファイル名は test_searchJPEGTAGS.py です

from searchJPEGTAGS import searchDHTs, searchSOIs, searchEOIs
import sys
from bitstring import ConstBitStream

xa = ConstBitStream(filename='XA1.dcm')
print(searchDHTs(xa))
print(searchSOIs(xa))
print(searchEOIs(xa))

これを走らせると結果は 以下のようになります

[10352, 5398688, 6469600, 11807904, 17146912, 22482576, 27843824, 33224096, 38652544, 44104704, 49597104, 55103072, 60640800, 66181296, 71753056, 77315744, 82880880, 88431792, 93978432, 99509264, 105038752, 110572944, 116110208, 121646512, 127184304, 132726336, 138267056, 143811248]
[10336, 5398672, 6469584, 11807888, 17146896, 22482560, 27843808, 33224080, 38652528, 44104688, 49597088, 55103056, 60640784, 66181280, 71753040, 77315728, 82880864, 88431776, 93978416, 99509248, 105038736, 110572928, 116110192, 121646496, 127184288, 132726320, 138267040, 143811232]
[5398584, 6469504, 11807800, 17146808, 22482472, 27843728, 33224000, 38652440, 44104600, 49597008, 55102976, 60640696, 66181200, 71752952, 77315648, 82880776, 88431688, 93978328, 99509160, 105038656, 110572840, 116110104, 121646408, 127184208, 132726232, 138266952, 143811152, 149355088]

要するに XA1.dcmという DICOM XAファイルの中の JPEG Tagアドレスが検出されたのです もちろん XA fileのフレーム数分あります

Python関数引数に関する考察

どうしても訳が分からないことがありました 要するに Pythonでの関数の名前空間が分かっていなかったのです 特にリストを引数で渡す場合です ここには、「リストの場合関数内部でグローバル変数を変化させれば、関数から出てもその変化は引き継がれる」というように記載されています

ところがこのテストプログラムではそのようにならないのです

from bitstring import ConstBitStream
from defTag import jpegTag

DHTs = []
print("DHTs: {}".format(id(DHTs))) #A

def searchTags(DHTs):
    xa = ConstBitStream(filename='xa1.dcm') #B
    print("DHTs: {}".format(id(DHTs)))
    DHTs = list(xa.findall(jpegTag['DHT'], bytealigned=True))
    print("DHTs: {}".format(id(DHTs))) #C


if __name__ == '__main__':
    searchTags(DHTs)
    print("DHTs = {0}".format(DHTs))

この場合、出力はA, B, Cの値(アドレス)が出力され、最後に゜カラリスト[]が出力されます そして興味深いことには A == Bであるにもかかわらず B != Cなのです つまり関数内で新たに変数が作成された訳です これは意図する動作ではありません そこで調べるとここに詳細に記載がありました これによれば、関数内で変数に変更を行えば、関数内の変数とグローバル空間の変数は同じアドレスを参照するようです そこで以下のテストを書きました

from bitstring import ConstBitStream
from defTag import jpegTag

DHTs = []
print("#A: {}".format(id(DHTs))) #A

def searchTags(DHTs):
    xa = ConstBitStream(filename='xa1.dcm')
    print("#B: {}".format(id(DHTs))) #B
    DHTs.extend(list(xa.findall(jpegTag['DHT'], bytealigned=True)))
    print("#C: {}".format(id(DHTs))) #C


if __name__ == '__main__':
    searchTags(DHTs)
    print("DHTs = {0}".format(DHTs))

これで走らせてみると当方での出力は以下の通りでした

#A: 4441990408
#B: 4441990408
#C: 4441990408
DHTs = [10352, 5398688, 6469600, 11807904, 17146912, 22482576, 27843824, 33224096, 38652544, 44104704, 49597104, 55103072, 60640800, 66181296, 71753056, 77315744, 82880880, 88431792, 93978432, 99509264, 105038752, 110572944, 116110208, 121646512, 127184304, 132726336, 138267056, 143811248]

これで意図した通りとなりました 要するに関数内で値を受け渡したいリストに変更を加えることにより関数内変数とグローバル変数が同じアドレスを参照したことにより参照渡しが実現された訳です

やったあ

Pythonで DICOM XAに挑む編です

XA fileは動画シネ(シネには限らず USなんかもですが・・・)をコマ(= Frame)毎にパラパラ漫画のように連続して記録してあります

そして、それぞれの Frameは Huffman Code圧縮されていて、その圧縮のキーはそれぞれの Frame毎に設定されています これは圧縮効率を最大にするためなのです

そこで、これを解読するためには、Frame毎に設定されている Huffman定義テーブル = Define Huffman Table (DHT)を検出し、フレーム毎に分離する必要があります

このため、まず行っていることはフレーム毎に分離するため、DHTを検出することです これをやってみました

from defTag import jpegTag
from bitstring import ConstBitStream
from defTag import jpegTag
DHT_address = []

xa = ConstBitStream(filename='xa1.dcm')
print(list(xa.findall(jpegTag['DHT'], bytealigned=True)))

これで以下のようなリストが出力されました

10352, 5398688, 6469600, 11807904, 17146912, 22482576, 27843824, 33224096, 38652544, 44104704, 49597104, 55103072, 60640800, 66181296, 71753056, 77315744, 82880880, 88431792, 93978432, 99509264, 105038752, 110572944, 116110208, 121646512, 127184304, 132726336, 138267056, 143811248]

これは xa1.dcmという DICOM XA fileの中の DHTの位置を表していることになります これを用いて Frame毎にファイルを切り分けて暗号解読すれば良いということになりますね

ちなみに、defTag.pyは以下のように定義しました

jpegTag = {
    'TAG': '0xFF',
    'DHT': '0xFFC4',
    'SOI': '0xFFD8',
    'EOI': '0xFFD9',
    'SOF': '0xFFC3',
    'SOS': '0xFFDA'

}

if __name__ == '__main__':
    print(jpegTag)
    print(jpegTag['TAG'], jpegTag['DHT'])

何事もうまくいかないな

昨日はプックスペース栄和堂に行ってゆったりとした時間を過ごすつもりでした それで丁度 12:00頃 Cross Bikeで病院を出発し向かいました

そして店の前の自転車スペースで自転車に鍵をしてさあドアを開けようとすると何と Closedとなっていたのです

仕方なく諦め、自宅を通り過ぎて坂道の途中にあるのを認識していた別の Cafeに向かったのです 結構きつい坂道で、Cross Bikeのギアを思い切り lowにしたのですがその途端にチェーンが外れ、そのまま前ギアに挟み込み、いくら手で戻そうとしても戻りません 仕方なく、自転車を転がしながら自宅にトボトボと歩いて自転車を押して帰りました

そして自宅でドライバーなどを用いて何とか復旧しようとしたのですががっちりとギアにチェーンが挟まれ 何ともできず、修理に出さねばならない事態に陥りました この Cross Bikeは先日定期点検から戻ってきたばかりで、何となくギアに音がして、しかもチェーンの張りが問題ありそうでした 案の定こんなことになってしまいました

結果的に土曜日午後優雅にカフェで思索に耽る、その予定が全部駄目となりました 本当にこの世の中は思うようには行きません

それで、朝から MacBook Proで PyCharmを立ち上げ色々と設定していたのですが、内蔵する Terminal Windowを開くとどうも文字コードの関係なのでしょうか うまいこと動作しません 色々と探してみるとこのページに遭遇しました その通りに設定してみるとスイスイとターミナルが動作するようになりました ありがたい まあ思いどおりに行かないこともあれば 何とな解決することもありますね めげない めげない

こんなことも知らなかった

Ron先生に刺激され、少しというか一ヶ月間ぐらいサボっていた Pythonのプログラミングに本日取り組みました 朝から外来診療し、その後PCIでしたが、PCIは若者に任せ自分は Pythonでした

ツールは PyCharmと、VisualStudio Codeです なかなか VisualStudio Codeが使い勝手が良いです

  • やりたいこと
    • jpeg tagを使いまわしできるように一つのファイルにまとめ、使用する時に importする
  • ファイル1 = defineTag.py
    • これは importされるファイルであり、ここにjpeg tag定義をまとめる
  • ファイル2 = test_defineTag.py
    • これがメイン・ルーチンでありここから importする
# defineTag.py

jpegTag {
    'TAG': 0xFF,
    'DHT': 0xC4,
    'SOI': 0xD8,
    'EOI': 0xD9,
    'SOF': 0xC3,
    'SOS': 0xDA
}

if __name__ == '__main__':
    print(jpegTag)
    print(jpegTag['TAG'])

そしてこれを呼び出すメインです

#test_defineTag.py


from defTag import jpegTag

print(jpegTag)
print(jpegTag['TAG'])

これをターミナルから呼び出します

$ python test_defTag.py

そうすると、以下のように応答されます

{'TAG': 255, 'DHT': 196, 'SOI': 216, 'EOI': 217, 'SOF': 195, 'SOS': 218}
255

これで使いたい時に、jpegTagを呼び出せば良いということになります ここまで来るのに数時間必要でした

ばかだばかだばかだ

何だか頭が馬鹿になっていく 明らかに頭の回転が以前より遅くなっている 明らかに頭脳の占める空間が狭くなっている

患者さんからよく「最近忘れっぽくて」と相談されます その時の僕の答えは 「忘れるって良いことですよ 長生きされていれば色々と嫌なこともあるでしょう もしもそれらを何時迄も覚えていれば楽しくないですよ 自然に任せましょう」

しかし、それはそうなのですが それにしても頭脳の回転が悪くなるのは許しがたいものです 最近自分のタイピング速度が遅くなってきていることも自覚します 特にこの 2016年モデルの MacBook Proのカチャカチャいうキーボードでは余計その傾向が目立つすのです これなんかも許しがたいことです

以前自分で書いた C++による Huffman Decodingプログラムのロジックをトレースするのに自分で時間がかかっています 頭脳空間の中に自分の書いたプログラムの論理空間をマッピングしれきないのです これは訓練で改善するのか? いな そう信じて再び挑まねばならない

あー馬鹿ですねえ 何を言っているのか支離滅裂です

ヘロヘロと光明

昨日はミヤンマー そして札幌でのTAVI 3例に引き続き、早朝から W治療を 4例実施、その間に外来診療をしながらです そして懸案の重症大動脈弁狭窄症の患者さんに対してどのように対処するか 議論の後、治療に踏み切りました

とても重症で併存疾患もありかつ救急で運び込まれてきた患者さんです 心臓血管外科、循環器内科、麻酔科、血管外科、看護師さん、技師さん、コーディネーター皆総出で 19:00から 23:00まで頑張りました

それから遅くに自宅に帰宅、一人で夕食食べながら MacBook Proを立ち上げメールを見ていたところ、Ron先生からのメールを受信、懸案の DICOM moduleなどを用いて 非圧縮DICOM XAを動画展開できそう、とのプログラムでした

素晴らしいです 漠然としていたモヤの中の色々が見えてきそうです これまでの 圧縮DICOM画像の解析と併せてもっと前に進めていければ良いですね それでこそ Pythonを勉強している甲斐があります

そして今朝は辛かったけど頑張って出勤です

今朝のツーリング