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R - 統計ソフト

それでは如何にして xquartzを最初から立ち上げておくか?

それは簡単です https://pc-karuma.net/mac-app-startup/ ここをご覧下さい

注意点としては、xquazrtz.appをapplication folderで探しても見つかりません、それはapplication folderの中の ユーティリティの中に存在します。それだけ気をつければ簡単ですね

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R - 統計ソフト

EZRおよび R commanderについて

はてはた不思議、先日は xquartz.appを何回かインストールしてたらば、突然 EZRが動作するようになったので、すっかり安心していました

しかし、本日またEZRを立ち上げたところ Rcmdrがうまく動作しない、というようなエラーが出て EZRが立ち上がりません。要するに Rcmdrがうまく動作しないのです。

既に幾つかの Home Pageにも記載がありますように、R commanderの動作には xquartz.appが必要なのですよね。でも、正直それが立ち上がっていないと R commanderが動作しない、とは思ってもいませんでした。

試みに、xquartz.appを停止した状態と、動作しいる状態で R commanderを立ち上げたところ、xquartz.appが動作中でないと EZRも R commanderも正常に動作しないことが確認されました。

さて、となると R.appを立ち上げた時に、xquartz.appが自動的に立ち上がるように設定すればいいことになりまよね。これはどうすればいいのかな?

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R - 統計ソフト ただの現状記述 (Daily Activities)

長年の懸案がようやく解決

自治医科大学付属大宮病院血液内科の神田先生(教授)が精力的に開発され、無償で公開されている EZRという統計処理ソフトがあります もともとは25年ぐらい前から開発がopen sourceで続けられている Rという統計処理プログラムをベースに開発公開されている GUIのソフトです

それはそれは素晴らしいソフトであり、これまでも随分と僕は助けて頂いてきました しかし、長年 MacOS/OSXで走らせるとなかなか動きものろくまた文字化けなどの不具合が発生していてやはり Windowsで走らせた方が素直だったのです

このため、これまでは Parallelsで Windows7を走らせそこで Windows版のEZRを走らせ統計処理していましたが、これも最近は動きがもたもたして困っていました

OSX版のEZRもその後改良され、今では問題なく動作しているのですが、僕の何時も使っている MacBook Pro OSX-El Capitanあるいは自宅に置いてある MacBook Pro OSXさらインストールマシン上でも、EZRを走らせると何が何だか訳の分からない現象が発生していたのです

それは、EZRを走らせた途端に、GUI画面で X11Quartzが立ち上がり、それと共に、背景が真っ暗なGUI画面となり、その後はOSXのメニュー画面などが消え、全くコントロール不可能となる、というものでした

この件は実は神田先生にメールでやり取りさせて頂き相談させて頂きましたが解決できず、この理由の故に長らくWindows版しか使っていませんでした

しかし、今回 JFKからの帰国の便の中でようやくこの懸案を解決しました

実際にはとても難しいのです まず アプリケーション・フォルダから X11Quartz.appを探し、これをダブルクリックして立ち上げます

そうするとOSXの画面上段にApple Markと並んでX11Quartzメニューが出てきます ここで、環境設定を選択します そうすると意図せずにX11 terminalが立ち上がりそれと共に背景が真っ黒となり、全くコントロール不能となります

ここで慌てず(実は自分は何回も慌てました)に、command-Hを押します

そうするとOSXに普通の画面に戻り、メニューや下段にDockが出てきますので、XQuartzをDockの中で探し、これを左クリックすると終了というのがありますので、これを選択します

そうすると あらあら不思議、XQuartzの環境設定ダイアログと共に、「XQuartzを終了しますか?」というダイアログが出てきますので、ここでキャンセルすると ここで初めてXQuartz環境設定が可能となるのです

そこで画面だったかな を選択するとフルスクリーンにする、というチェックボックスが defaultでチェックされているのでこれを外します

そうすると私のあるいは神田先生が意図される動作で OSX上でEZRが問題なく作動するようになるのです

やったあー これはすぐに神田先生に報告させて頂きます ありがとうございます

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R - 統計ソフト インターネット一般 (Internet General)

本日は開放されて

昨日は鎌倉ライブデモンストレーション実行委員会が開催されました 17:00よりコメディカル委員会の会合、そして18:00より皆で集まり討議しました 約40名のご参加を頂き非常に有意義な討論ができました

そして本日は 8:00AMに鎌倉の自宅を出発し、モノレール、JR、地下鉄と乗り継いで四谷三丁目にある翔泳社のトレーニング施設に着いたのが 9:35AMでした

ここで 「Rではじめるビジネス統計分析講座」という講座のお勉強に来たのです もちろん有償のものであり、この会議室には定員の 20名が参加されております

勿論のことではありますが、皆様方 僕よりも二回りは若い方々ばかりです さあ頑張るぞ

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R - 統計ソフト ただの現状記述 (Daily Activities)

訳が分からない

もともと X11 on Unixというのは複雑なシステムであり、それが大きな間違いなく動くこと自体信じがたいことだと僕は思います

先日来直面しているのが、自分の MacBook Proで EZRを動かそうとすると、X11と Rcmdrが立ち上がると同時に Rcmdrのウィンドウが全く別の Desktopとして作動して、結局他の R Consoleを含めたアプリにアクセスすらできなくなる、という現象です

これに対して、R/R Frameworkの削除、/opt/X11/の削除、そして再インストールを行いましたが、全く改善しませんでした

そもそも、OSX Yosemiteを全くの Clean Installして、Time Machineを使用せずに、アプリ、データをめんどくさいけど別々にコピーしたにもかかわらずです

Time Machineでコピーしたならば、パソコンの環境そのものもコビーされるのでさもありなん、なんですが、そのようにしないでクリーンに行ったにもかかわらず同じ現象が認められたのです

しかも、MacBook Pro 1Tでも MacBook Pro 750GBでも同様の現象が発生したのです

伺えば他の Yosemiteではそのような現象が認められない、ということでしたので、全く訳が分かりません

あまりにも複雑なシステムとなっているのでしょうか それでも、iPython Notebook (Anaconda)などもインストールして問題無いし、そもそも HomeBrewで問題無く色々インストールできます XAMPPを用いてlocal server環境を作成し、Web Programmingも普通にできるし、Xcodeで OpenGL programもきちんと動作したし、一体全体何が問題なのか分かりません X11を立ち上げるとそれが xeyesであろうが Rcmdrであろうが X11の真っ黒なWindowが画面を占有し、他の入力も受け付けなくなるのです

誰か解明して頂ければ助かりますが、僕のスキルでは無理です

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Python R - 統計ソフト TAVI (経大動脈的大動脈弁植え込み術) ただの現状記述 (Daily Activities) プログラミング (Programming)

TAVIは行えど・・・

本日も無事にTAVIを終了し、順調に物事が流れます

しかし、勉強する時間が無い! 否 それだけでなく頭脳の吸収力が落ちている 毎日疲れが溜まり、なかなか猛烈な勉強する気になれないのです 新たな知識を吸収するのに一番効率的で強力な方法は集中して一気に行うことです

何の勉強か? と言えば、Pythonを用いたデータ処理なのです 既に Kindleで本を数冊買い込んでいます もちろん英語の本です 日本語の本は未だ不十分ですので・・・

Pythonデータ処理といっても、iPython Notebook関連です とにかく、これを使いこなし、Rで行っている統計処理をPythonで出来るようにしたいのです

大分と感覚がPython的になってきました もう一段アップすれば急速に吸収していく予感がします 頑張りますよ

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R - 統計ソフト

Rで累積相対度数グラフを描く関数

ecdf()

という便利な関数見つけました これにより簡単に累積相対度数グラフを勝手に描いてくれます

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R - 統計ソフト ただの現状記述 (Daily Activities)

朝から勉強しました

うちの若い先生方は統計学をしっかり勉強されていて 教えられることが多いのです 今朝の抄読会で読んだ論文 まあ 中身は大したことないのですが、その統計学手法の誤りではないけども問題点を明らかにするため 今朝は外来診療無いことをいいことに、1例PCI補助の合間に Propensity Score Matchingについて勉強しました

それにしても JACCともあろうものが このレベルですかね 詳細は もう一つのブログをご覧下さい

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R - 統計ソフト ただの現状記述 (Daily Activities) 外国訪問 (Foreign Visits)

バタバタと時間が流れ

3/19 (水)の夕方羽田発の中国東方航空の小さな飛行機で上海に入りました もう何年ぶりでしょう

今年の CIT (China Interventional Therapeutics)は上海で開催され、何時もこの学会の course co-directorsの一人として参加している私も当然のことながら参加しました しかし、毎年問題となるのが、同時期に開催される日本最大の循環器系学会である日本循環器学会総会とのバッティングなのです

今年も同様で日本循環器学会は、3/21 (金)から三日間開催されたのです 僕は結局、木曜日 7:00AMからの DRAGON Trial症例登録完了の記念すべき会を開催し、それからいくつかの dutiesをこなしてから、金曜日朝の便で東京に戻り、夕方日本循環器学会での役割である、英語セッション座長を行い、それからその夜 あるヨーロッパの先生と日本に将来を左右しかねない大切なお話をしました

本日土曜日も日本循環器学会で用事がありますので、結局東京に宿泊しました

CITはやはり上り調子の学会であり、アメリカ、ヨーロッパの主要メンバーは全員参加されていました 日本の学会では逆立ちしても、このメンバーが一同に会することはあり得ません これが現在の日本と中国の勢いの差というものでしょう 日本からも日本循環器学会には参加されずに、CITのみに参加される日本人の循環器医師の方々もおられるようでした うーん 少し問題では? と思いますが・・・・

それにしても今年は初めて CITでライブデモンストレーション術者をしなかったので、個人的には気が抜けた学会でしたね 心配していた上海の大気汚染でしたが、幸いなことに数週間振りに雨が降り、それで空気も綺麗になっていました

今回、部下から習いましたが、Cox比例ハザード分析と、多変量ロジスティック回帰分析の使い分けです 僕が座長をしたセッションでも、ある有名な施設の発表において、誤ってロジスティック分析が使用されていました ロジスティック分析には、時間という因子が入っていないのであり、時間が大きな因子である生存分析には使えないのです この点座長として指摘しましたが、残念ながら分かってもらえなかったようです それにしても、最近主要論文でもいよいよ Rを使った解析が堂々と使われています 素晴らしい世の中になってきました